谜团之一，罕王仓促迁都只为保江山龙脉？
公元1621年，努尔哈赤率领八旗大军以锐不可当之势挺进辽东，并将都城从赫图阿拉迁至辽东重镇辽阳，大兴土木，修筑宫室。然而，出人意料的是，1625年农历三月初三早朝时，努尔哈赤突然召集众臣和贝勒议事，提出要迁都盛京（今沈阳），诸亲王、臣子当即强烈反对，但努尔哈赤坚持自己的主张。
努尔哈赤为何如此“仓促迁都”？民间一直流传：努尔哈赤深信“传统风水”，按照风水先生的指点，他在当时的东京城西南角修建娘娘庙；在东门里修建弥陀寺；在风岭山下修建千佛寺，想用三座寺庙把神龙压住，以保龙脉王气。但是，三座庙宇只压住了龙头、龙爪和龙尾，城里的龙脊梁并没被压住。
于是，龙一拱腰，就要飞腾而去，一直向北飞到浑河北岸。努尔哈赤认为龙是奉天旨意，命他在龙潜之地再修造城池，于是，一座新城便拔地而起，并将此城命名为“奉天”。又因为浑河古称为沈水，而河的北岸为阳（风水中有关阴阳的规定为：山的南面为阳、北面为阴，水的南边为阴、北边为阳），所以又称“沈阳”。
当然，传说似乎过于神奇，但国家清史编纂委员会委员李治亭教授和沈阳故宫博物院研究室主任佟悦表示，中国历来建都建城，风水都是放首位的。沈阳在浑河之阳，上通辽河，辽河又通大海，可谓是一块“风水宝地”。但是两位专家同时又指出，努尔哈赤迁都沈阳，更主要的目的应该是出于战略进取上的考虑。
首先，沈阳乃四通八达之处，其地理位置对当时的满族而言非常有利，北征蒙古，西征明朝，南征朝鲜，进退自如。
其次，原先的都城辽阳由于满汉混杂，人口众多民族矛盾冲突严重，而沈阳当时还只是个中等城市，人口少，便于管理，这样可以避免满汉矛盾的激化。
谜团之二，沈阳故宫究竟何年开始建造？
由于史料没有任何明文记载，沈阳故宫究竟何年开始建造，一直是历史上的一大悬案，也是历史学家们争论的一个焦点。
沈阳故宫博物院研究室主任佟悦说，“这可能是因为修建皇宫是件劳民伤财的举动，清代统治者认为不值得提倡，而且修建宫殿本身也就是为皇帝建个家，没必要将具体建造年份写进史书。”
然而几年前，鞍山市文物站的一位工作人员，在当地发现了一本《侯氏宗谱》，其中关于修建辽阳东京城和沈阳盛京城的记载非常详细。
根据《侯氏宗谱》记载，负责为沈阳故宫烧制琉璃瓦的侯振举家族是“于天命九年间迁至沈阳，复创作宫殿龙楼凤阙以及三陵各工等用” 。有专家据此推断，沈阳故宫应该是在天命九年，也就是1624年开始建造的。但佟悦却不赞同这一说法，他认为，《侯氏宗谱》中所说的“天命九年”指的是侯振举一家迁居沈阳的时间，而不是说侯振举搬到沈阳后就立即开始建造故宫。
佟悦认为，沈阳故宫应该是从1625年开始建造的，理由有二：首先，1624年，东京城还没有建好，许多贝勒、大臣都还在忙着建自己的住所，努尔哈赤在没有下达迁都命令之前，不可能在沈阳建造故宫；其次，努尔哈赤居住在位于城北的罕王宫，而不是故宫里。如果沈阳故宫1624年就开始修建的话，那么努尔哈赤为什么不住在故宫里反而要在故宫城旁居住？
谜团之三，谁是沈阳故宫的“总工程师”？
这些清代宫殿建筑到底是谁设计的？又是由谁建造的？这一次，同样是《侯氏宗谱》掀开了谜团的冰山一角。宗谱中记录了这么一段文字：“大清高皇帝兴师吊伐以得辽阳，即建都东京，于天命七年修造八角金殿，需用琉璃龙砖彩瓦，即命余曾祖振举公董督其事，特授夫千总之职。后于天命九年间迁至沈阳，复创作宫殿龙楼凤阙以及三陵各工等用，又赐予壮丁六百余名以应运夫差役驱使之用也。余曾祖公竭力报效，大工于是乎兴。选择17名匠役，皆竭力报效。……”
佟悦认为，这段文字说明，侯振举这个人与沈阳皇宫的营造关系很大。从以上文字可以判断，侯振举应该是建造故宫的负责人之一，但是考虑到沈阳故宫中有许多建筑是满蒙风格，侯振举作为一个汉人，不可能设计出来，所以除了侯振举之外，应该还有其他的设计者和建造者。
对此，也有人提出了不同意见。有的专家认为，侯振举只是“烧制琉璃瓦的管窖人”，而不是沈阳故宫的“工程师”，因为侯振举是从海城迁至沈阳的，根据《海城县志》载：“城东南三十五里，在岩山山麓有黄瓦窖，制黄琉璃瓦。清时工部派五品官监制黄瓦，以备陵寝宫殿之用。”其卷2《民族》中有这样的记载：“侯氏，原籍山西明福县，后徙本境。清初隶汉军旗，世袭盛京五品官，监制黄瓦，族繁户众，世居城东南析木城。”该县志又在《重修缸窖岭伯灵庙碑记并序》中说：“清初修理陵寝宫殿，需用龙砖彩瓦，因赏侯振举盛京工部五品官……”所以，究竟是几个人一同修筑了这座清代宫殿，还是由某位大师具体设计，这个问题也一直是未解之谜。
谜团之四，努尔哈赤是否修建了部分故宫？
努尔哈赤在位期间，是否只修建了部分故宫？这在史学界同样存在很大争议。有的专家认为，努尔哈赤在沈阳时一直都居住在故宫北门旁边，而不是居住在沈阳故宫里，这说明当时故宫肯定还没建完。而且建造宫殿是一项耗资巨大工程，前期准备工作纷繁复杂，而努尔哈赤率部迁都沈阳18个月后便猝然离世。在这么短时间里，根本没有足够时间能将复杂的宫殿建造得如此之快。
而有的专家则认为，一年半时间也不算太短，在辽阳城建造宫殿时也只用了两年多时间，努尔哈赤在位期间完全有时间修建宫殿。而根据史料最早记载，1627年正月初一，皇太极在大政殿举行典礼仪式。按照沈阳的天气，说明大政殿在1626年10月之前就应该完工。也就是说，在努尔哈赤时期，大政殿和与之成组的建筑在当时应该已经建好了。
